Afvalwater bevat vaak (hoge concentraties ) organische en chemische stoffen die niet gewenst zijn in het oppervlaktewater.
Gelukkig zijn er micro-organismen die zulke stoffen kunnen afbreken.
Bij afvalwater zuiveringsprocessen kunnen zeer verschillende bacterien hun slag slaan.
Voor (bijna )elkesoort afvalstof zijn micro-organismen te vinden die gericht die stof kunnen verteren.
Een voorbeeld van zo'n gespecialiseerde groep bacterien zijn de bacterien van de Anammoxgrop die onder anaerobe (zuurstofvrije) omstandigheden ammonium kunnen oxideren