Op zijn zesde werd hij lid van zijn eerste voetbalclubje. Zijn vader Takuya, een liefhebber maar zelf voetballer in een tijd waarin Japan nog geen profvoetbal kende, was er zijn eerste trainer. Op zijn dertiende stapte de jonge Yuki Kobayashi over naar het grotere Tokio Verdy.
,,Toen ik wat ouder was had ik een coach die meteen doorhad dat ik een echte middenvelder ben. Maar hij heeft me bewust op alle posities in het elftal uitgeprobeerd. Daar ben ik hem tot de dag van vandaag dankbaar voor, omdat ik daardoor weet wat op andere posities gevraagd wordt.’’